Федеральной службы безопасности:

• на осуществление работ с использованием сведений, составляющих государственную тайну (от 11 марта 2008 г., срок действия — 3 года);
• на осуществление работ с использованием сведений, составляющих государственную тайну (для Московского офиса) (от 8 апреля 2010 г., срок действия — до 11.03.2011);
• на осуществление технического обслуживания шифровальных (криптографических) средств;
• на осуществление распространения шифровальных (криптографических) средств (от 9 июня 2008 г., срок действия лицензий — 5 лет);
• на осуществление разработки и производство средств защиты конфиденциальной информации (от 11 января 2010 г., срок действия лицензий — 5 лет);
• на осуществление разработки, производства шифровальных (криптографических) средств, защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных и телекоммуникационных систем (от 11 сентября 2008 г., срок действия лицензий — 5 лет);

Саморегулируемых организаций:

• Свидетельство о допуске к работам по подготовке проектной документации, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства;
• Свидетельство о допуске к работам, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства;
• Свидетельство о допуске к работам в области инженерных изысканий, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства.

Федерального агентства по промышленности:

• на разработку, производство и ремонт вооружения и военной техники (от 8 мая 2008 г., срок действия всех трех лицензий — 5 лет).

Министерства обороны:

• на деятельность в области создания средств защиты информации (от 21 июля 2008 г., срок действия лицензии — 5 лет).

Федеральной службы по техническому и экспортному контролю:

• на деятельность по разработке и (или) производству средств защиты конфиденциальной информации,
• на деятельность по технической защите конфиденциальной информации (действуют до 7 октября 2010 года),
• на осуществление мероприятий и (или) оказание услуг в области защиты государственной тайны (в части технической защиты информации),
• на проведение работ, связанных с созданием средств защиты информации (обе лицензии действую до 3 сентября 2011 года).

Министерства по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий:

• на осуществление работ по монтажу, ремонту и обслуживанию средств обеспечения пожарной безопасности зданий и сооружений,
• на осуществление деятельности по тушению пожаров (от 6 февраля 2008 года, срок действия - 5 лет).

Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения и социального развития:

• на осуществление деятельности по техническому обслуживанию медицинской техники (от 3 марта 2008 г., срок действия — 5 лет).

Министерства экономического развития и торговли:

• на осуществление картографической и геодезической деятельности (от 19 августа 2008 г., срок действия обеих — 5 лет).

Федеральной службы по надзору за соблюдением законодательства в области охраны культурного наследия:

• на осуществление деятельности по реставрации объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) (от 17 июля 2009 г., срок действия — 5 лет).

Эти лицензии также дают право на монтаж инженерных систем, систем вычислительной техники, сетей питания компьютерных систем, слаботочных систем и выполнение монтажных схем прокладки таких сетей.

ЗАО «Ниеншанц» может осуществлять функции генерального подрядчика, то есть привлекать соисполнителей для выполнения всего комплекса работ по оборудованию зданий и сооружений, а также разрабатывать проектно-сметную документацию.